Endō từng có thời gian thi đấu cho Yokohama Flügels và Kyoto Purple Sanga vào giai đoạn 1998-2000. Đến năm 2001, anh chuyển đến Gamba Osaka và nhanh chóng trở thành cầu thủ quan trọng của đội. Vào năm 2005, anh cùng câu lạc bộ giành danh hiệu vô địch J1 League lần đầu tiên và giành chức vô địch AFC Champions League vào năm 2008, giải đấu mà anh cũng được bầu chọn là Cầu thủ xuất sắc nhất.[3]

Endō đã được lựa chọn vào Đội hình Tiêu biểu của J. League trong suốt mười năm liên tục, từ năm 2003 đến năm 2012.[4][5] Tại Giải vô địch bóng đá thế giới các câu lạc bộ 2008, anh ghi được hai bàn thắng lần lượt trong các trận đấu với Adelaide United (bàn thắng duy nhất của trận đấu)[6] và Manchester United. Năm 2009, anh được Liên đoàn bóng đá châu Á (AFC) trao tặng danh hiệu "Cầu thủ xuất sắc nhất châu Á" năm 2009.[7][8]

Năm 2012, Endō cùng Gamba Osaka với vị trí áp chót tại J. League 1 đã phải xuống thi đấu tại J2 League.[9] Một năm sau đó, anh và Osaka đã vô địch J. League 2 và trở lại với giải đấu quen thuộc.